Srsť jaguára má väčšinou žltohnedú farbu, ale vyskytuje sa taktiež červenohnedé aj čierne sfarbenie. Na srsti má typické škvrny, tzv. rozety, ktoré sú u každého jedinca iné. Rozety môžu mať jednu či viac škvŕn a aj tvar týchto škvŕn sa líši. Škvrny na hlave, krku a chvoste sú plnšie a môžu splynúť v pás. Pod bruchom, na krku, na vnútorných stranách končatín a v dolnej časti bokov je jaguár biely.
Čierne jaguáre americké nie sú samostatný druh, je to len melanistická forma – majú viac farbiva – pigmentu. Pri dobrej súhre slnečného svetla a pozornom oku je možné aj na čiernom jedincovi škvrny vidieť.
Jaguáre sú samotárske zvieratá. Dospelé jedince sa stretávajú v období párenia, pričom o mláďatá sa stará iba samica. Hmotnosť mláďaťa po narodení je zhruba 800 gramov. Po dvoch týždňoch sa mláďatám otvárajú oči a začínajú intenzívnejšie preskúmavať okolie. Vo veku 6 mesiacov sa začínajú s matkou vydávať na lov a zostávajú s ňou až do dvoch rokov svojho života. Potom matku opúšťajú a hľadajú si vlastné teritórium. Veľkosť územia, ktoré sa rozhodnú obsadiť, závisí od množstva koristi. Bežne im stačí teritórium s priemerom 5km, ale pri nedostatku potravy dokážu obsadiť areál o veľkosti až 500km2.
Sú to výborní plavci a ako jediná veľká mačka lovia svoju korisť priamo vo vode.
Čierne jedince jaguára amerického aj leoparda škvrnitého sa neodborne nazývajú aj čierny panter.
Jaguára amerického a leoparda škvrnitého si z mačkovitých šeliem ľudia najčastejšie mýlia. Vo voľnej prírode sa však tieto mačky nemajú možnosť stretnúť. Jaguáre totižto žijú v Amerike, kým leopardy sa vyskytujú v Ázii a v Afrike.
V minulosti bol jaguár často lovený pre atraktívnu kožušinu tak intenzívne, až sa stal v prírode veľmi vzácnym. Dodnes je pre nich najväčším nebezpečenstvom pretrvávajúci lov a postupná degradácia životného prostredia.
Je to najväčšia americká mačkovitá šelma a tretia najväčšia mačkovitá šelma sveta (po tigrovi a levovi).
V tme vidia šesťkrát lepšie ako človek.
V žalúdku jaguára bolo zistených až 85 druhov zvierat.
