Je to najväčší žijúci hlodavec na svete. Hlava je ťažká, s tupým štvorhranným ňufákom a štetinatým horným pyskom. Oči sú položené vysoko na hlave, aby kapybara dobre videla aj pri plávaní. Telo je zavalité a súdkovité, podobné diviačiemu. Srsť je krátka a štetinatá, riedke šedo-hnedé chlpy majú červenkastý nádych. Končatiny sú krátke a hrubé, veľmi dobre prispôsobené na plávanie. Na predných končatinách sú vždy štyri kopýtkovité prsty, na zadných len tri. Medzi prstami je badateľná krátka plávacia blana.
Oči, nozdry a uši má kapybara navrchu hlavy uložené v jednej rovine, čo umožňuje kapybarám dýchať bez toho, aby vysúvali oči a ušnice nad vodnú hladinu.
Najväčšie dominantné samce majú pri koreni nosa čierno sa lesknúcu pachovú kožnú žľazu zvanú „morillo“, ktorá v období rozmnožovania produkuje belavý sekrét. Ten kapybary využívajú ku značkovaniu. Podobné žľazy, ale podstatne menšie, majú aj samice.
Kapybary sú vynikajúci plavci a pod vodou vydržia až päť minút, pričom túto schopnosť využívajú ako únik pred predátormi. Ak je to treba, kapybara môže vo vode aj spať, z vody jej trčí len nos.